O especial infantil Nave Mágica foi concebido por Augusto César Vannucci, também supervisor geral do programa, que teve direção de Paulo Netto e José Mário Pereira e foi exibido na Sessão aventura – faixa de programação vespertina da emissora.

Nove músicas foram especialmente compostas para o programa por Daltony Nóbrega, Altay Veloso, Paulo Netto, Cláudio Rios, Reinaldo Gonzaga e Sérgio Sá, todas interpretadas pelos atores ao longo da narrativa, com letras que faziam parte da história.

O programa foi produzido em outubro de 1991, mas a Rede Globo preferiu exibi-lo apenas no ano seguinte, por ocasião da Conferência Mundial da ONU para a Preservação do Meio Ambiente (Rio-92), já que o especial abordava temas como a preservação da natureza.

As gravações do especial foram realizadas na praia do Arpoador, no Rio de Janeiro, em Cabo Frio, na Região dos Lagos, e nos estúdios da Renato Aragão Produções, no Rio de Janeiro.

O robô e a nave espacial foram criados pelo Centro de Tecnologia Aplicada da Rede Globo (Cetap), que também produziu maquetes de cidades por onde a nave passava e efeitos de computação gráfica para algumas cenas.